FURNAS mantém programas de monitoramento de variáveis físicas relacionadas ao clima, sismo, lençol freático e processos erosivos. Aplicável tanto às usinas geradoras como ao sistema de transmissão, o monitoramento climatológico avalia eventuais interferências dos reservatórios no microclima das regiões onde foram construídos. Tal monitoramento é realizado por meio de estações com medidores de variáveis meteorológicas como temperatura, umidade do ar, radiação solar, velocidade e direção dos ventos, além da pluviosidade. No caso das linhas de transmissão, o monitoramento climatológico passa a ser preponderante para a elaboração de projetos, principalmente quanto às estruturas de sustentação dos cabos condutores.

Do mesmo modo, é executado o monitoramento de processos erosivos, ocorridos ao longo das margens dos reservatórios das hidrelétricas, na base das torres de sustentação das linhas e, eventualmente, nas áreas onde se situam as termelétricas e subestações. A partir desse monitoramento, torna-se possível o controle de impactos, como a formação de voçorocas (escavação do solo ou em rocha decomposta causada por erosão).

A Empresa também realiza o monitoramento hidrológico por meio de uma rede de 160 postos fluviométricos e meteorológicos instalados nas áreas de sua atuação.