Nas usinas hidrelétricas, FURNAS realiza o monitoramento da ictiofauna (peixes) em dois enfoques:

O primeiro verifica a eficácia dos peixamentos realizados pela Estação de Hidrobiologia e Piscicultura de FURNAS (EHPF), nos reservatórios das usinas da Empresa implantadas nos rios Grande e Paranaíba: Usinas Hidrelétricas de FURNAS, Mascarenhas de Morais, Luiz Carlos Barreto de Carvalho, Porto Colômbia, Marimbondo e Itumbiara. Para os peixamentos a EHPF produz, anualmente, uma média de 1,5 milhões de alevinos de espécies nativas da bacia onde foram formados esses reservatórios, destacando-se entre elas o Dourado, o Curimbatá, o Pacu Caranha, o Piau, a Piapara, a Piracanjuba, o Jaú, o Pintado e o Trairão. A fim de verificar, a médio e longo prazos, a eficácia dos peixamentos realizados anualmente nesses reservatórios desde 1976, a EHPF realiza estudos envolvendo, entre outros aspectos, a composição, a distribuição e a biologia das principais espécies desses reservatórios.

O segundo enfoque do monitoramento da ictiofauna realizado por FURNAS consiste numa nova postura adotada pela Empresa a partir da construção das Usinas Hidrelétricas Serra da Mesa e Corumbá. Atualmente, os programas de monitoramento da ictiofauna da área sob influência dos novos empreendimentos da Empresa são realizados antes, durante e após a formação dos reservatórios. Esses programas, além de acompanharem as alterações na composição e estrutura das comunidades de peixes, visam, também, localizar e avaliar a importância das áreas de desova, crescimento e/ou berçário situadas na área sob influência desses empreendimentos; avaliar a influência que a implantação e operação dessas usinas poderá ter sobre o ciclo de vida das principais espécies de peixes da região, e propor as medidas mais indicadas para a manutenção da diversidade ictiofaunística e dos recursos pesqueiros da área sob influência desses empreendimentos com base em dados científicos obtidos a médio ou longo prazos.

Destaca-se, ainda, entre os monitoramentos realizados por FURNAS, o monitoramento da pesca profissional realizado na área de influência das usinas onde esta atividade é permitida pela legislação estadual. Assim, FURNAS, ao assumir a Usina de Manso, situada no estado de Mato Grosso, implantou o monitoramento da pesca profissional na área do reservatório, e a jusante (o sentido da correnteza num curso de água da nascente para a foz) deste, com a finalidade de acompanhar os desembarques pesqueiros durante a formação do reservatório e nos primeiros anos de operação da usina; realizar a caracterização socioeconômica dos pescadores profissionais e do rendimento pesqueiro dessa região e avaliar uma eventual influência da implantação deste empreendimento sobre os recursos pesqueiros do rio Cuiabá.