Merece destaque o trabalho que a Empresa vem realizando em conjunto com órgãos de controle ambiental, através da alocação de recursos financeiros em 24 áreas protegidas por lei nos estados de Goiás, Tocantins, Mato Grosso, Paraná, São Paulo, Rio de Janeiro e no Distrito Federal em favor da preservação dos ecossistemas. Essa ação beneficia a sociedade como um todo ao conservar os recursos genéticos e possibilitar o uso ordenado daquelas áreas para fins científicos, de turismo e de lazer. Recursos significativos vêm sendo investidos por FURNAS nestas unidades de conservação. Desde 1992, convênios com órgãos ambientais asseguram, entre outras ações, a regularização fundiária, a aquisição de equipamentos, a melhoria da infra-estrutura de fiscalização e o monitoramento e elaboração de planos de manejo.